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Présentation générale :

cet équipement contribue à développer une approche rationnelle, étayée sur des simulations informatiques, pour la conception de radiopharmaceutiques marqués avec des radionucléides innovants.

Les logiciels scientifiques disponibles sur la grappe permettent :

  • de prévoir la structure et les propriétés (force de liaison, potentiel d’oxydation, …) de molécules par des calculs de chimie quantique
  • de modéliser à des degrés de sophistication croissante (docking, dynamique moléculaire, QM/MM) les interactions ligand-récepteur biologique ou protéine-protéine.

Figure 1 : Structures 2D de deux ligands de 211At ayant fait l’objet d’une évaluation in vivo
et représentation de la fonction de localisation électronique (ELF).

Principe de fonctionnement :

Après avoir établi une connexion sécurisée au nœud de services (frontal), l’utilisateur à la possibilité d’exécuter des simulations en mode parallèle (OpenMP ou MPI) sur au maximum 40 cœurs (CPUs) et une durée effective maximum de 2000 heures. Les simulations sont ordonnancées par un système automatique de gestion, qui repose sur différentes files de soumission établies à partir de combinaisons nombre de cœurs (de 1 à 40)/temps d’exécution maximum (de 24h à 2000h). L’exécution débute en fonction d’une priorité déterminée selon la file sélectionnée et l’utilisationprécédente des ressources de la grappe.

Caractéristiques :
  • 9 nœuds de calcul Dell R620 biprocesseurs E5-2670 avec 128 Go de RAM et 4 disques à 15000rpm en RAID 0

  •  3 nœuds de calcul Dell R630 quadri-processeurs E5-2693 avec 192 Go de RAM et 8 disques à 15000rpm en RAID 0
  • Interconnections Intel Infiniband
  • Logiciels de modélisation moléculaire Gaussian 16, TURBOMOLE 7.3, Molpro 2015.1, Schrödinger suite 2018, NWChem 6.6

 

 

Identité
Nom équipement : Cluster PEKKA
Fabriquant de l’appareilDELL
N° identifiant (référence interne)
Nom du lieu d’installationCEISAM
Nom de l’établissement propriétaireCEISAM
Type de l’appareilGrappe de calcul haute performance

 

Fonctionnement
Disponibilité de l’équipementDisponible
Appareil en zone réglementéeAccès décentralisé
Contraintes d’utilisationUne formation pour l’utilisation est nécessaire
Correspondant techniquePour toute demande d’information relatif à cet équipement et son utilisation, merci de cliquer sur le bouton contact en bas à gauche de la page ou d’utiliser le formulaire de contact du site.

 

Informations complémentaires:

Cet équipement est accessible uniquement :

  • à des spécialistes de la modélisation moléculaire,
  • après avoir suivi une formation spécifique à l’environnement informatique de la grappe de calcul.

Les potentiels utilisateurs sont des personnels soit des partenaires du consortium, soit d’équipes académiques externes en contrat de collaboration.